各位老鸟：我对我PCR的产品进行直接测序后，想在测序的序列中设计一对引物，（因为是RAPD，只有10bp的引物，扩增结果不是特异性的，想设计一对特异性的引物进行检测）可是测序图中未标明这段序列是从5‘---3’，还是3‘---5‘，要怎么样确定其顺序，请各位指教！

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你进行比对，不就出来了。

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谢谢楼上的兄弟，可是我也不知道BLAST对比时，所显示序列的是不是从5’--3‘？
大家测序时，公司测定的序列是从3’--5‘，还是5’--3‘，还是两者都有可能呀？

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两者都有可能 你用Aligment ，与原序列比对 ，就知道了