我的质粒电泳图有三条带，我的质粒大约5800bp。影响质粒电泳各构型电泳速度的因素到底有那些，电泳图最上方的条带是不是细菌基因污染？

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质粒提的很好啊，超螺旋的很多。
那说的那条带不是细菌基因组污染，是线性化的质粒。

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肯定不是细菌基因组污染！
提得不错！

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我的质粒只有5800bp左右，图中是15000的marker。请注重中间的那条带，我感觉那是线性化的质粒。最上面的条带都到10000了，请问这是怎么回事？

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最上面的可能是质粒的复制中间体。
LZ的质粒提的很好啊。

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LZ的质粒抽提的不错，很纯，量也蛮多的。

质粒可以同时存在三种分子构型：超螺旋，线性和环状。这三种构型的电泳行为是不同的，所以位置不能和线性的marker完全对应。

假如LZ还是不放心，建议可以把所抽提的质粒进行单酶切，切成线性片段，再电泳，那时就应该只有一条带，而且和marker比起来，大小也应该是正确的了。

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有高级结构的，电泳说明不了大小问题，只看质量就行